カビなどの菌は有機肥料の有機物を分解し植物が吸収しやすくする役割を持っています。そのまま表土にあっても問題ないですが、気になるようでしたら表面を削ってご使用ください。また、未使用の土であれば乾燥させたりすることで消えていきます。